航空航天工程系是学院成立后于2014年围绕航空航天专业和学科发展组建起来的。本系目前拥有航空宇航科学与技术一级学科硕士学位授权点、专业硕士授权点（分别在机械领域和能源动力领域招生）和航空航天工程本科专业。在学校和学院的大力支持下，航空航天工程专业建成本科教学实验室，包括虚拟仿真实验室、风洞实验室、航空材料实验室、航空结构实验室和微小飞行器实验室，具有一流的实验条件和创新实践环境。

航空航天工程系团队力量雄厚，现有专任教师19人，其中教授6人，副教授4人，讲师9人。教师队伍中有中科院“百人计划”1人、洪堡学者1人 ，教育部高等学校教学指导委员会委员1人，重庆市学术技术带头人及后备人选3人，重庆市“百人计划”1人，2人连续五年入选爱思唯尔高被引学者榜单，2人担任国家一级学会常务理事及以上职务，1人享受政府特殊津贴。

      航空航天工程系主要承担航空航天工程专业课程教学、研究生教学和人才培养等任务，经过几年的发展已建成完善的专业课程体系，为航空航天高层次人才培养奠定了坚实的基础。在科学研究方面，围绕航空航天复合材料、结构无损与健康监测、飞机结构疲劳、航空航天结构设计分析、航空发动机结构设计分析、飞行动力学与控制等领域承担了包括国家自然科学基金重点项目等多项国家和省部级项目，取得了突出的研究成果。